Кафедра экономической информатики была создана в 2003 году с целью интеграции экономики и информатики, приложения информационных технологий к исследованию экономических проблем. Возглавил кафедру д.т.н., профессор Мартынов В.В.
Кафедра объединила дисциплины, преподаваемые на всех специальностях и направлениях ИНЭК, связанные с применением информационных технологий: информатика, информационные технологии в экономике, информационные технологии в управлении, основы интернет-технологий, системы управления базами данных, управление проектами и др. В дальнейшем состав преподаваемых дисциплин и специальностей расширялся. С 2003 г. начата подготовка по специальности «Прикладная информатика в экономике» со специализацией «Прикладная информатика в налогообложении». В 2009 г. кафедра открыла бакалавриат по направлению «Бизнес-информатика», а в 2011 г. - магистратуру по направлениям «Бизнес-информатика» и «Прикладная информатика».
В настоящее время на кафедре работают 12 штатных сотрудников, а так же совместители из числа руководителей и работников организаций, деятельность которых связана с направленностью реализуемых образовательных программ: ПАО «Банк Уралсиб», ООО «РН УфаНИПИнефть», «Институт социально-экономических исследований» УФИЦ РАН. Более 90% штатных преподавателей имеют учёные степени и звания: доктор наук, 10 кандидатов наук. На кафедре подготовлено и защищено 7 кандидатских диссертаций, ведется подготовка соискателей и аспирантов по направлению «Информатика и вычислительная техника».
