Основными задачами отдела мобилизационной подготовки являются: 

• организация работы по мобилизационной подготовке университета;

• ведение воинского учета обучающихся и работников;

• подготовка документов граждан пребывающих в запасе по бронированию на период мобилизации и на военное время;

• взаимодействие с военными комиссариатами Республики Башкортостан и других субъектов Российской Федерации по мероприятиям в области призыва граждан на военную службу, воинского учета и бронирования.