В структуру университета входят 22 факультета и института, шесть филиалов в городах Бирске, Ишимбае, Кумертау, Нефтекамске, Сибае, Стерлитамаке.

Ведется подготовка по 150 направлениями бакалавриата, магистратуры и специалитета по более 700 образовательным программам гуманитарного, естественнонаучного и технического профилей.