В 1960 г. в Башкирском государственном университете была организована кафедра физической и аналитической химии, которой до 1963 г. руководил доцент Айвазов Б.В.; с 1963 по 1979 год кафедрой заведовал доцент Петров С.М. В 1969 г. по инициативе лауреата Нобелевской премии академика Семенова Н.Н. и академика Эмануэля Н.М. на химическом факультете БашГУ была создана еще одна кафедра физико-химического профиля – кафедра химической кинетики. Ее заведующим (по совместительству) был избран один их крупнейших специалистов в области химической кинетики – профессор Денисов Е.Т., который привлек на работу своих учеников: Комиссарова В.Д., Герчикова А.Я., Мартемьянова В.С., Дегтяреву Т.Г.
В 1971 году кафедру химической кинетики возглавил доцент Мартемьянов В.С. В результате проведенных исследований были выявлены важнейшие особенности окисления органических соединений в широком интервале температур, что позволило предложить ряд эффективных способов повышения термоокислительной стабильности синтетических и минеральных смазочных материалов. В это же время проводилась работа по поиску, тестированию и изучению механизма действия ингибиторов, способных обеспечивать защиту органических соединений от радикальной деструкции при температурах свыше 400 К. В ходе данного исследования были, в частности, синтезированы, апробированы на практике и защищены авторскими свидетельствами ряд полифункциональных стабилизаторов и ингибирующих композиций. В 1979 г. кафедры физической химии и химической кинетики были объединены под общим руководством Мартемьянова В.С.
В 1991-1992 гг. кафедру физической химии и химической кинетики возглавлял (по совместительству) крупнейший ученый, директор Института органической химии Уфимского научного центра РАН академик Толстиков Г.А. В 1992 г. на базе этой кафедры была организована кафедра физической химии и химической экологии. На должность заведующего кафедрой был избран профессор Комиссаров В.Д., заведующий лабораторией химической кинетики ИОХ УНЦ РАН. Профессор Комиссаров В.Д. возглавлял кафедру в течение 8 лет. Его усилиями при кафедре был создан Экологический учебный центр, который в течение 5 лет проводил активную работу по повышению квалификации и переподготовке кадров в области экологии. За время работы Экологического учебного центра было проведено 9 сессий курсов повышения квалификации. Обучение прошли более 200 сотрудников из 110 организаций Республики Башкортостан. Наряду с новыми знаниями и полезной информацией слушатели Экологического учебного центра имели возможность получения консультативной помощи специалистов-экологов, установления деловых контактов.
В 1999 г. защитили докторские диссертации сотрудники, а в прошлом – выпускники кафедры: Хурсан С.Л. и Борисов И.М. Диссертационная работа Хурсана С.Л. посвящена химии органических полиоксидов (диоксиранов, алкилтриоксидов и гидротриоксидов, тетроксидов), исследованию их физико-химических свойств и окислительной активности. В докторской диссертации Борисова И.М. изучены кинетика и механизм жидкофазного окисления молекулярным кислородом широкого круга кислородсодержащих органических соединений.
На кафедре в 1987-2000 гг. работал д.х.н, профессор Вахидов Р.С. – специалист в области электрохимии. Его научные разработки посвящены гальваностегии.
В 2000 г. кафедру физической химии и химической экологии возглавил (по совместительству) академик РАН Монаков Ю.Б. – ученый, специалист в области физико-химии полимеров. В это время на кафедре были развернуты научные исследования по окислительной деструкции и функционализации природных полисахаридов (Монаков Ю.Б., Борисов И.М., Зимин Ю.С.). Наряду с этим проводился поиск и изучение экологически чистых антиоксидантов растительного и синтетического происхождения (Герчиков А.Я., Гарифуллина Г.Г., Хайруллина В.Р., Сафарова И.В.), а также квантово-химическое моделирование различных химических процессов (Хурсан С.Л., Янборисов В.М., Гиззатова Э.Р., Хамитов Э.М.).
В 2003 г. докторскую диссертацию защитил Янборисов В.М., а в 2006 г. – выпускник кафедры Зимин Ю.С. Диссертационная работа Янборисова В.М. посвящена установлению связи строения и термической устойчивости некоторых хлорсодержащих полимеров (поливинилхлорида, хлорбутилкаучука, акрилонитрила, модифицированного хлоридами). В диссертации Зимина Ю.С. изучены кинетические закономерности и механизмы реакций озона с рядом низкомолекулярных (спиртов, эфиров, кетонов и олефинов) и высокомолекулярных (арабиногалактана, поливинилового спирта) органических соединений в водных растворах.
С 2007 г. заведующим кафедрой физической химии и химической экологии (по совместительству) стал выпускник кафедры, академик АН РБ Мустафин А.Г. – специалист в области органической химии и химической экологии. С его приходом научные исследования кафедры расширились в сторону изучения воздействия объектов горно-промышленного комплекса на экологическое состояние регионов Зауралья Республики Башкортостан. В 2015 г. произошло объединение кафедры физической химии и химической экологии с кафедрой неорганической химии, при этом название кафедры осталось неизменным (кафедра физической химии и химической экологии).
За последние годы получила дальнейшее развитие научная тематика кафедры «Окислительные процессы в решении химико-экологических задач». На кафедре проводятся интенсивные исследования механизма окислительной деструкции и модификации природного полисахарида – пектина, применяемого в качестве биологически активной добавки в пищевой и косметической промышленности, а также в качестве полимерной матрицы при изготовлении лекарственных препаратов пролонгированного действия. Наряду с этим проводятся синтез и изучение комплексных соединений на основе производных урацила с полифункциональными кислотами (Мустафин А.Г., Зимин Ю.С.); полученные комплексы могут найти применение в качестве медицинских, ветеринарных и сельскохозяйственных препаратов. Продолжаются исследования по выявлению антиокислительной активности веществ природного и синтетического происхождения, а также конструированию эффективных противовоспалительных и антиаритмических лекарственных препаратов с помощью теории распознавания образов (Герчиков А.Я., Хайруллина В.Р.).
Фундаментальные научные исследования кафедры широко опираются на теоретические и расчетные методы изучения реакционной способности химических соединений. Под руководством профессора Хурсана С.Л. проводятся исследования строения и механизма действия новых классов ингибиторов радикально-цепного окисления: флавоноидов, ди- и тетрагидрохинолинов, производных арилиндандионов. Продолжаются работы по квантово-химическому моделированию процессов полимеризации диенов на Ti,V-содержащих катализаторах (Монаков Ю.Б., Гиззатова Э.Р., Хамитов Э.М.).
Преподаватели и сотрудники кафедры физической химии и химической экологии за последние годы приняли участие в выполнении ряда грантов, среди которых:
- проекты по федеральным целевым программам «Университеты России» и «Развитие научного потенциала высшей школы» (руководитель – академик РАН Монаков Ю.Б,);
- проект «Развитие механизмов интеграции Башкирского государственного университета. Института органической химии УНЦ РАН и Института проблем химической физики РАН» по аналитической ведомственной целевой программе Министерства образования и науки Российской Федерации «Развитие научного потенциала высшей школы» на 2006-2008 гг. (руководитель проекта – профессор Герчиков А.Я.);
- гранты Российского фонда фундаментальных исследований (руководители грантов – академик РАН Монаков Ю.Б., профессор Янборисов В.М.);
- научные гранты Академии наук Республики Башкортостан (руководители грантов – академик РАН Монаков Ю.Б., академик АН РБ Мустафин А.Г., профессора Зимин Ю.С., Хурсан С.Л.);
- гранты Российского научного фонда (заведующий кафедрой, профессор Мустафин А.Г., профессор Зимин Ю.С.).
Активное участие в научной работе кафедры принимают студенты 4 и 5 курсов, магистранты и аспиранты. Они регулярно занимают призовые места на региональных, всероссийских и международных конференциях.
Студенты, магистранты, аспиранты и преподаватели кафедры стабильно удостаиваются стипендий федерального уровня: стипендия Фонда Потанина, стипендия Правительства Российской Федерации, стипендия Президента Российской Федерации и др.